هدف در این نوع جراحی آرام کردن اسفنکتر مقعد و درنتیجه کاهش درد و اسپاسم و التیام شقاق است.
جراحی دقیق و کنترل شده روی عضله ی اسفنکتر داخلی , یک روش بسیار موثر برای [برای نمایش لینک باید عضو شوید. ] مزمن و مقاوم با میزان بیش از ۹۰ درصد موفقیت میباشد و اگر توسط پزشک درست انجام شود میزان بازگشت بیماری بطور قابل ملاحظه ای کاهش می یابد. این جراحی بصورت سرپایی و در همان روز قابل اجراست. ریسک اصلی در جراحی اسفنکتروتومی داخلی مقداری بی اختیاری در مدفوع و گاز پس از جراحی است که بعد از مدت کوتاهی رفع میگردد. کیفیت زندگی بیمارانی که تحت این جراحی قرار میگیرند بسیار بهتر از گروهی است که با شقاق مقاوم زندگی و آن را تحمل میکنند.

بی اختیاری مقعد معروف به آسیب عضله ی اسفنکتر (مانند آسیب زایمان) و یا اسهال (مانند بیماری کرون) نیاز به توجه خاص دارند. جراحی اسفنکتروتومی برای این دسته بیماران خاص باید با دقت توصیه شود. برای تعیین هرگونه ریسک احتمالی و یافتن بهترین درمان باید کاملا با جراح مشورت شود.